Фамилия Аферина образована от мужского имени Аферя — народной формы библейского имени Офир. В древнееврейском языке это слово многозначно: наиболее прямое значение — «серый», но в Библии «Офир» упоминается и как земля, сказочно богатая золотом. По другой версии, в основе лежит имя Офер (или Офра), которое переводится как «олень». Какая из версий верна для конкретной семьи, сказать сложно: все эти имена бытовали в еврейской среде, и фамилия могла закрепиться за потомками человека, носившего любое из них.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Аферин — «сын Афери». Такая форма характерна для фамилий, возникших в центральных и северных регионах России, куда еврейские имена проникали вместе с переселенцами или через торговые контакты. Встречается и вариант Аферина — женская форма или фамилия в родительном падеже, что тоже встречается в документах.

Несмотря на библейские корни, фамилия редкая. В современных справочниках она не фигурирует среди массовых, а значит, её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких родственных ветвей. Географически следы ведут на юг России и в регионы бывшей черты оседлости, где еврейские имена чаще смешивались с русской фамильной системой.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Аферов, Аферьев, — то Аферина стоит особняком: суффикс -ин здесь не просто грамматический, а сохраняет архаичную форму притяжательности, что может указывать на более раннее или более изолированное возникновение.