Фамилия Афер — редкий пример, где за коротким звучанием скрывается сразу несколько возможных корней, и ни один из них не связан с русским языком. Её происхождение уходит в семитские языки, и у исследователей есть как минимум три версии, каждая со своей логикой.

Самый прямой путь — от еврейского имени Афер, которое в переводе означает «серый». Это могло быть прозвище по цвету волос, глаз или одежды, которое затем закрепилось как фамильное имя. Однако не исключено, что Афер — это фонетический вариант более известного еврейского имени Офер (женская форма — Офра). Офер переводится как «олень» — животное, которое в иудейской традиции символизирует грацию и быстроту. В Библии встречается и созвучное слово «Офир» — так называли легендарную землю, богатую золотом, откуда царь Соломон привозил драгоценности. Отсюда третья версия: через арабское влияние имя Афер могло означать «богатство», как вариация имени Офир.

Словообразовательно фамилия выглядит как застывшая форма имени без типичных для славянских фамилий суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это указывает на то, что перед нами не русифицированный вариант, а прямое заимствование. Носители фамилии Афер, скорее всего, происходят из еврейских или арабо-еврейских общин, где имя давалось по библейским или бытовым мотивам, а затем перешло в фамилию без изменений.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном на юге России и в странах бывшего СССР, где сохранились общины горских или бухарских евреев. В отличие от массовых русских фамилий, Афер не имеет сословной привязки — её могли носить и торговцы, и ремесленники, и раввины, так как имя не указывало на профессию, а на личное качество или библейский образ.

Если выбирать между версиями, наиболее правдоподобной выглядит связь с именем Офер («олень»): оно шире распространено в еврейской ономастике, чем редкое «серый», и имеет прямые параллели в библейских текстах. А вот арабское «богатство» — скорее народная этимология, возникшая из-за созвучия с «Офир», но не подтверждённая устойчивой традицией именования.