Фамилия Аференко — яркий пример того, как украинская модель фамилии сохранила память о крестильном имени, которое в современном русском языке почти вышло из обихода. В её основе лежит имя Афродисий (через народную форму Афрен или Аферен), что в переводе с греческого означает «пенорожденная» — эпитет богини Афродиты. В православных святцах имя Афродисий встречалось, но было редким, поэтому носителей фамилии Аференко немного.

Суффикс -енко — типичный украинский патронимический формант, означающий «сын» или «потомок». Если в русской традиции фамилии на -ов/-ев закрепились в основном за дворянством и крестьянством центральных губерний, то -енко — это маркер южнорусских земель, прежде всего территории современной Украины и юга России. Аференко буквально значит «сын Афрена» (или Аференя).

Интересна и фонетическая эволюция: от греческого Афродисий до просторечного Афрен — и далее до фамилии. Такое сжатие («усечение») имени — частый процесс в народной речи: длинное и неудобное имя сокращали до двух-трёх слогов. Поэтому не стоит искать в основе «аферу» или «африканца» — это ложные этимологии. Связь с Афродитой и античной мифологией — единственная достоверная версия.

В дореволюционных переписях и метрических книгах фамилия встречается спорадически, что подтверждает её редкость. Скорее всего, предки Аференко были крестьянами или казаками, жившими в Черниговской, Полтавской или Харьковской губерниях — там, где суффикс -енко был основным способом образования фамилий. Письменные источники фиксируют её с XVIII века, но устная традиция могла быть и старше.

Сегодня Аференко — фамилия, по которой можно судить о миграции: если она встречается за пределами Украины (в Сибири, на Дальнем Востоке), значит, предки переселились в ходе столыпинской аграрной реформы или индустриализации. Искать «родовое гнездо» стоит в архивах южных уездов Российской империи.