Фамилия Агачкина — женская форма фамилии Агачкин, и её происхождение не так однозначно, как может показаться на первый взгляд. В основе, скорее всего, лежит прозвище Агач, но вот что оно означало — вопрос открытый.

Первая версия отсылает к тюркскому слову «агач» — так в Закавказье называли путевую меру, примерно равную часу пути. Человек мог получить такое прозвище, если был проводником, скороходом или, наоборот, медлительным путником. Вторая, более бытовая гипотеза, связывает прозвище с дележом промысла: «агачом» называли полуторный пай, и такое прозвище мог закрепиться за тем, кто получал или распределял эту долю.

Третья версия, самая распространённая в народной этимологии, выводит Агача из тюркского «agach» — «дерево». Здесь прозвище могло указывать на профессию (плотник, лесоруб) или на внешность человека — высокого, крепкого, «коренастого».

Модель образования фамилии типична для русской ономастики: суффикс -ин указывает на принадлежность. Агачкин — значит «сын (или потомок) Агача». Женская форма Агачкина — это «дочь» или «жена» Агачкина.

В отличие от многих фамилий, оканчивающихся на -ов/-ев, фамилии на -ин чаще образовывались от основ, заканчивающихся на -а или -я. Уменьшительная форма имени или прозвища Агачка (с суффиксом -к-) как раз даёт такую основу. Получается, что полная цепочка выглядит так: Агач → Агачка (уменьшительно-ласкательная или пренебрежительная форма) → Агачкин → Агачкина.

Географически фамилия встречается в Поволжье и южных регионах России, где исторически было сильное тюркское влияние. Это косвенно подтверждает тюркское происхождение корня. Однако точных данных о сословной принадлежности первых носителей нет: Агачкины могли быть как крестьянами, так и мещанами или казаками.