Фамилия Агафоненкова — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Агафоненков. Её ядро — крестильное имя Агафон, что в переводе с греческого значит «добрый», «благой». Это имя было довольно популярно в старину, особенно в крестьянской и мещанской среде, потому что церковь почитала нескольких святых с таким именем.

Самое интересное здесь — суффикс. В отличие от массовых -ов и -ин, суффикс -енк(ов) указывает на украинское или южнорусское происхождение. В украинской традиции -енко означает «маленький», «сын»: Агафоненко — буквально «сын Агафона». А когда фамилия перешла в великорусскую среду, к ней добавили типичный русский суффикс -ов, получив двойную «русификацию» — Агафоненков. То есть носитель фамилии — потомок человека, которого на Украине или в южных губерниях России называли Агафоненко («Агафонов сын»), а затем, при переселении или переписи, фамилию подогнали под привычный русский шаблон.

Такая модель — «украинская основа + русское окончание» — встречается нечасто. Она говорит о миграции: предки Агафоненковых, скорее всего, вышли из чернозёмных областей (Курская, Воронежская, Харьковская губернии) и осели в центральной России, где их фамилию «обкатали» под местный говор. Сословно — почти наверняка крестьяне или однодворцы, потому что дворянские роды редко образовывали фамилии с таким двойным суффиксом.

Встречается фамилия и в написании через «а» на конце — Агафоненкова, что стандартно для женщин. Мужской вариант — Агафоненков. В современных справочниках фамилия фиксируется как редкая, с очаговым бытованием преимущественно в Белгородской и соседних областях.

Если копнуть глубже, имя Агафон не было редким: церковь поминает нескольких святых с этим именем, что и обеспечило ему устойчивую популярность среди простонародья. Но именно суффиксальная конструкция выделяет эту фамилию из ряда однокоренных — Агафонов, Агафонцев, Агафонькин. Последние образованы напрямую от имени или его производных форм, а Агафоненков несёт в себе след межрегионального смешения: украинский патроним -енко «обрусели» с помощью русского -ов. Такая двойная огласовка — редкость, и она почти всегда указывает на то, что предки переселялись с юга на север, меняя не только место жительства, но и звучание фамилии под говор новой округи.