Фамилию Аганян стоит разбирать с суффикса — он главный ключ к её происхождению. Подавляющее большинство армянских фамилий оканчивается на -ян (или более архаичное -янц). Этот суффикс восходит к древнему показателю родительного падежа и буквально означает «из рода», «принадлежащий». То есть Аганян — это «потомок Агана». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые указывают на отца (чей сын?), армянская модель подчёркивает родовую принадлежность.

Основа фамилии — Аган. Это, скорее всего, диалектная или сокращённая форма личного имени Аганес (армянский вариант имени Иоанн, в русской традиции — Иван). В разговорной речи имя Ованес (Аганес) могло усекаться до Аган или Ага. Получается, что Аганян — это армянский аналог русской фамилии Иванов. Разница только в грамматической логике: русская фамилия отвечает на вопрос «чей сын?», армянская — «из какого рода?».

Менее вероятная версия выводит основу из тюркского «аган» (старший брат, дядя) или арабского «аган» (богатый, знатный). Но в контексте армянской антропонимии эта гипотеза слабая: армянские фамилии редко строятся напрямую от нарицательных тюркских слов, обычно заимствовались имена, а не прозвища. Поэтому версия с именем Аганес остаётся основной и самой правдоподобной.

Географически фамилия Аганян чаще всего встречается в исторической Западной Армении (ныне восток Турции) и среди потомков армян, переживших геноцид 1915 года. После рассеяния носители фамилии оказались в Армении, России, Ливане, Сирии, США и Франции. В России фамилию нередко русифицировали: в документах могли записать Аганов или Аганян — в зависимости от грамотности писаря. В некоторых диаспорах сохранилась более старая форма Аганянц, где конечное «-ц» — тот же суффикс принадлежности, но в более древнем звучании (сравните с русскими фамилиями типа Седых, где окончание тоже указывает на род).