Фамилия Аганянц — редкий гибрид: армянская по корню, но оформленная по русской административной модели. Её основа — имя или прозвище Аган, которое восходит к тюркскому «аган» (господин, хозяин) или к арабскому «хан» (властитель). В армянской среде такое прозвище давали как знак уважения — старшему в роду, богатому человеку или сельскому старосте. То есть носитель фамилии, скорее всего, происходил из семьи, где предок обладал весом в общине, пусть и не был дворянином.

Главная особенность Аганянц — суффикс. Обычно армянские фамилии в России принимали окончание -ов или -ев (Аганов), но форма на -янц встречается реже и указывает на конкретный исторический сценарий. Суффикс -янц — это русифицированная версия армянского патронимического суффикса -ян (родовой, «сын такого-то»). Когда в XIX — начале XX века армянские переселенцы оформляли документы в Российской империи, русские чиновники добавляли к фамилии окончание -ц по аналогии с польскими или украинскими фамилиями (например, Коваль → Ковальчук → Ковальц). Так Аганян дословно превратился в Аганянц — «из рода Агана» или «потомок Агана».

Географически фамилия тяготеет к югу России и Закавказью: носители встречаются в Краснодарском крае, Ростовской области, Ставрополье, а также в Армении и среди диаспоры. Вариант с -янц сохранился именно у тех семей, которые рано обрусели или жили в смешанных регионах, где русская администрация фиксировала фамилии на слух, не вникая в армянскую грамматику. Сословно предки Аганянц могли быть крестьянами, ремесленниками или мелкими торговцами — но имя Аган в основе намекает, что в своей среде они пользовались авторитетом, а не были безликой массой.