Фамилия Агенберг — редкий для России пример фамилии немецкого происхождения, сохранившей исходное написание без русификации. Она сложилась по типичной для немецких фамилий модели: основа + компонент «-берг» (Berg — «гора»). Первая часть, «Аген», восходит либо к немецкому личному имени Аген (Agen), либо к топониму — названию населённого пункта, например, Аген (Agen) во Франции или Агендорф в Германии. Таким образом, фамилия могла означать либо «гора Агена» (указывать на владельца или жителя у горы, названной по имени), либо «гора из Агена» (то есть переселенца из местности с таким названием).

В России фамилия Агенберг встречается крайне редко и почти исключительно у потомков немецких колонистов, приглашённых Екатериной II в XVIII–XIX веках. Эти семьи селились в Поволжье, Новороссии и на юге Украины. В отличие от многих немецких фамилий, которые со временем адаптировали под русскую грамматику (добавляли окончания -ов, -ин, -ский), Агенберг осталась без изменений — это указывает на позднюю миграцию или на то, что носители долго сохраняли замкнутый быт в немецких колониях.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: суффикс отсутствует, корень сложный. В немецкой ономастике такие «горные» фамилии (Берг, Розенберг, Гольдберг) часто давали людям, жившим у заметной возвышенности или работавшим в горах — рудокопам, лесорубам. Но в случае Агенберг первая часть не связана с профессией или природным явлением, а привязана к имени или месту. Поэтому версия о конкретном предке-переселенце из Агена выглядит правдоподобнее.

В дореволюционных метрических книгах лютеранских приходов фамилия фиксировалась как Agenberg. После 1917 года, в ходе депортаций немцев в 1940-е годы, часть носителей оказалась в Казахстане и Сибири, где фамилия могла искажаться при записи — встречаются варианты Агенберг, Огенберг, иногда Агенберг с двойным «н». Сегодня в России живут буквально единицы людей с этой фамилией, и её происхождение почти всегда ведёт к конкретной немецкой колонии, что делает Агенберг не столько «фамилией вообще», сколько маркером семейной истории XVIII–XIX веков.