Фамилия Агинбаев — редкий случай, когда географический адрес оказывается надёжнее этимологического. Если искать корни в словарях тюркских языков, сразу упираешься в стену: ни «агин», ни «агын» не дают убедительного прозвища или профессии. Зато стоит посмотреть на карту — и всё встаёт на место.

Подавляющее большинство носителей фамилии Агинбаев — башкиры, причём с чёткой привязкой к юго-востоку республики, к зоне исторического расселения племени тангаур. В башкирской ономастике фамилии на -баев — одна из самых массовых моделей, и здесь она работает по стандартному принципу: основа «Агин» (личное имя или прозвище) плюс тюркский формант -бай, означающий «богач», «хозяин», «господин». Составные имена с бай — Агинбай, Ишбай, Кутлубай — в дореволюционной Башкирии давали мальчикам, желая им достатка и положения. Позже, при переходе на русскую фамильную систему, к ним прирос патронимический суффикс -ев, превративший Агинбая в Агинбаева.

Сложнее с самой основой «Агин». В башкирском языке слово «агын» означает «течение», «поток», но вряд ли имя напрямую связано с водой. Скорее это антропоним, восходящий к древнетюркскому корню со значением «сознание», «разум» (ср. монгольское «ухаан»). Правдоподобнее версия, что Агин — сокращённая форма более длинного имени, например Агинбай, где первая часть могла быть связана с родовым тотемом или эпитетом. Впрочем, документальных подтверждений этой гипотезы пока нет, и в научных справочниках (например, в работах Т. Кусимовой по башкирским именам) форма «Агин» не выделяется как отдельное имя.

Фамилия почти не выходит за пределы Башкортостана. Встречается она в основном в Абзелиловском, Баймакском, Хайбуллинском районах — там, где веками кочевали тангаурские роды. Это значит, что предки современных Агинбаевых были скотоводами, знали счёт табунам и, судя по форманту -бай, не относились к самым бедным. Дворянства или купечества за этой фамилией не числится — она крестьянская, но не бесправная: башкиры-вотчинники владели землёй на правах общины.

В написании стоит обратить внимание на букву «е» в конце. Встречаются варианты Агинбаев и Агинбаев — оба корректны, но первый исторически точнее, так как отражает русскую адаптацию башкирского окончания.