Фамилия Агинов — редкий случай, когда за основу взяли не полное крестильное имя, а его краткую, обиходную форму. В основе лежит имя Ага, которое в русской традиции было уменьшительным от целого ряда канонических имён: Агафон (от греческого «агатос» — добрый, хороший), Аггей (от древнееврейского «праздничный, торжествующий») или Агапий (от греческого «агапе» — любовь). В бытовой речи и документах XVI–XVII веков имя Ага встречалось нередко, и от него закономерно образовались фамилии с суффиксом принадлежности -ов: Агин, Агов, Агинов.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, означающих «чей?» — то есть сын или потомок Аги. Фонетическая особенность: в основе Агин- перед суффиксом -ов произошло наращение звука «н», что характерно для некоторых русских говоров при образовании притяжательных прилагательных от имён, оканчивающихся на гласный. Сравните: Кузьма — Кузьмин, но Ага — Агинов, хотя встречается и параллельная форма Агин.

Есть и более редкая, но правдоподобная версия, связывающая фамилию с тюркским именем Агин. В некоторых тюркских языках «агын» означает «течение, поток» или «набег». Эта гипотеза может быть актуальна для регионов с исторически смешанным русско-тюркским населением — Поволжья, Приуралья, Сибири. Однако первая версия, от русского канонического имени, надёжнее, потому что модель «Ага → Агинов» вписывается в массовую словообразовательную практику восточнославянских фамилий.

Географически фамилия Агинов встречается нечасто, но имеет очаги концентрации. По данным современных телефонных справочников и баз адресов, носители фамилии заметны в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Москве и Подмосковье. Это может указывать на корни в южнорусских или казачьих регионах, где сокращённые формы имён были особенно употребительны.

Социальный состав предков Агиновых, скорее всего, был крестьянским или казачьим. Фамилия не относится к дворянским или купеческим — она образована от народной, обиходной формы имени, что типично для основной массы русского населения, получившего фамилии в XVIII–XIX веках.