Фамилия Агин — один из ярких примеров того, как в русской истории фамилию могли не унаследовать, а сконструировать искусственно. В основе её лежит не обычное прозвище или ремесло, а воля влиятельного вельможи XVIII века. Согласно распространённой версии, фамилию Агин получил сын всесильного фельдмаршала князя П. Н. Репнина, будущий писатель И. П. Пнин. Князь пожаловал ему второй слог своей фамилии, и из «Репнина» родился «Пнин». По той же модели усечения появились и другие фамилии: Агин (от Елагин), Бецкой (от Трубецкой), Лицын (от Голицын), Ранцов (от Воронцов), Рукин (от Долгорукий), Умянцов (от Румянцев). Таким образом, Агин — это усечённая форма фамилии Елагин.

Сама фамилия Елагин восходит к мужскому крестильному имени Елага, которое является уменьшительной формой от нескольких имён: Елизар (с древнееврейского — «Бог помиловал»), Елисей («Бог-спасение») или Елистрат (с греческого — «добрый воин»). Так что, хотя напрямую Агин и не происходит от крестильного имени, его корень уходит в церковную традицию.

Самый известный носитель этой фамилии — Александр Алексеевич Агин (1817–1875), русский художник-иллюстратор, основоположник российской жанровой иллюстрации. Он создал серии рисунков к произведениям Гребёнки, Панаева, Тургенева, Лермонтова, Пушкина, а в 1844–1845 годах работал над иллюстрациями к «Ветхому Завету». В 1849 году по его эскизам исполнили рельефы к памятнику И. Крылову работы скульптора Клодта в Летнем саду Санкт-Петербурга.

О точном месте и времени возникновения фамилии Агин говорить сложно, но её искусственное происхождение — редкий и ценный штрих в истории русской антропонимики.