Фамилия Аглигулина — редкий пример, где географическая привязка почти наверняка перевешивает любые попытки объяснить её из русского языка. Это стопроцентный тюркский след, искать корни в славянской лексике здесь бесполезно. Основа фамилии — мужское имя Аглигул, которое образовано сложением двух компонентов. Первая часть восходит к арабскому «агли» (عقلي) — «разумный, умный, рассудительный». Вторая — тюркское «гул» (от персидского «голь») — «цветок, роза». В целом имя Аглигул означает «цветок разума» или «разумный, как цветок» — типичная для тюрко-мусульманской антропонимии метафора, где имя желало ребёнку красоты и ума одновременно.

Суффикс «-ин» указывает на русскую модель образования фамилий от основ на -а, -я. Поскольку исходное имя Аглигул женского рода (в тюркских языках «гул» — женское имя, хотя встречается и у мужчин), фамилия Аглигулина, скорее всего, образована от женского имени Аглигуля или от прозвания матери — «жена Аглигула» или «дочь Аглигула». В русской традиции такие фамилии на -ин давали по имени отца (Иван — Иванов, Пётр — Петров), но если основа оканчивалась на -а, то добавляли -ин (Никита — Никитин). Здесь же основа женского имени, что не редкость для фамилий татар и башкир, где могли фиксировать прозвище по матери или по жене.

Географически фамилия почти наверняка привязана к Башкортостану, Татарстану или Оренбургской области — регионам, где распространены башкирские и татарские имена с компонентом «гул». В башкирском языке имя Аглигул (Әғлигөл) встречается и сегодня, хотя и не часто. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Аглиуллин, Аглиев, — то Аглигулина стоит особняком из-за полного сохранения сложной основы, что указывает на позднюю и точную фиксацию прозвища, а не на усечение.

Версия о происхождении от названия местности или профессии маловероятна: ни в одном известном топонимическом или диалектном словаре «аглигул» не зафиксирован как географический объект или ремесленный термин. Единственный правдоподобный путь — через личное имя. Социально предки носительницы фамилии скорее всего были крестьянами или мещанами из башкирского или татарского сословия, принявшими фамилию после ревизий XIX века.