Фамилия Аглюкова — редкая, и её происхождение уходит корнями в тюркские языки, а не в славянские. В основе лежит личное имя Аглюк, вариант имён Аглы (Аглык) или Аглю. В тюркских языках корень «аг» означает «белый» или «чистый», а аффикс «лы» / «лю» указывает на обладание. Имя Аглюк переводится как «беловатый», «светлый» или «чистый». Такие имена давали детям со светлыми волосами или кожей, либо как пожелание чистоты и благородства.

Русский патронимический суффикс «-ов» в окончании фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Аглюков, то есть сын или потомок Аглюка. Женская форма Аглюкова образована по тому же принципу. Фамилия могла возникнуть в среде татар, башкир или других тюркоязычных народов, которые после вхождения в состав Российского государства принимали православие и русифицировали окончание фамилии по отцу.

Встречается фамилия преимущественно в Поволжье и на Урале — регионах, где веками соседствовали русские и тюркские народы. В метрических книгах XIX века можно найти записи об Аглюковых среди крестьян и мещан Казанской, Уфимской и Оренбургской губерний. Известны случаи, когда фамилию записывали как «Аглыков» или «Оглюков» — это связано с особенностями местного произношения и записи имени на слух.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий с очевидным ремесленным или географическим корнем, Аглюкова отсылает к личному качеству предка. Носитель этой фамилии мог получить своё родовое имя не по профессии, а по внешности или характеру — например, за светлые волосы или добрый нрав. Сегодня фамилия встречается редко, что делает её своеобразным маркером конкретной ветви рода, не растворившейся в массе однофамильцев.