Фамилия Аглюкова — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с тюркскими языками, а не со славянскими корнями. Основа фамилии — личное имя Аглюк, которое представляет собой вариант имени Аглы (Аглык) или Аглю. В тюркских языках корень «аг» означает «белый» или «чистый», а «лы» / «лю» — аффикс обладания. Таким образом, имя Аглюк можно перевести как «беловатый», «светлый» или «чистый». Часто такие имена давали детям со светлыми волосами или кожей, либо как пожелание чистоты и благородства.

Суффикс «-ов» в окончании фамилии — типичный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «чей?» — Аглюков, то есть сын или потомок Аглюка. Женская форма Аглюкова образована по тому же принципу. Фамилия могла возникнуть в среде татар, башкир или других тюркоязычных народов, которые после вхождения в состав Российского государства принимали православие и получали фамилии по отцу, русифицируя окончание.

Встречается фамилия преимущественно в Поволжье и на Урале — регионах, где веками соседствовали русские и тюркские народы. В метрических книгах XIX века можно найти записи об Аглюковых среди крестьян и мещан Казанской, Уфимской и Оренбургской губерний. Известны случаи, когда фамилию записывали как «Аглыков» или «Оглюков» — это связано с особенностями местного произношения и записи имени на слух.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий с очевидным ремесленным или географическим корнем, Аглюкова отсылает к личному качеству предка. Носитель этой фамилии мог получить своё родовое имя не по профессии, а по внешности или характеру — например, за светлые волосы или добрый нрав. Сегодня фамилия встречается редко, что делает её своеобразным маркером конкретной ветви рода, не растворившейся в массе однофамильцев.