Фамилия Аглюков не поддаётся бытовой расшифровке — её не выведешь из крестильного имени (вроде Иванов) или ремесла (как Кузнецов). Основа Аглюк- отсутствует и в православных святцах, и в списке распространённых профессий, поэтому корни приходится искать либо в диалектной лексике, либо в тюркских языках.

Наиболее надёжная версия ведёт к тюркскому прозвищу Аглюк. В татарском и башкирском «аг» (или «ак») означает «белый», «чистый», «светлый», а суффикс -люк/-лык образует слова со значением качества или принадлежности. Так Аглюк могло значить «беловатый», «светлый» или «тот, кто связан с чем-то белым». Прозвище могли дать человеку со светлыми волосами или кожей, либо тому, кто носил белую одежду или занимался отбеливанием тканей. Эта версия правдоподобнее ещё и потому, что суффикс -ов в конце фамилии — типичный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «чей?» — Аглюков, то есть сын Аглюка.

Менее очевидная гипотеза связывает фамилию с русским диалектным словом «аглый», которое в некоторых говорах означало «жадный», «прожорливый», «ненасытный». Тогда прозвище Аглюк (с суффиксом -юк, характерным для южнорусских и украинских говоров) могло закрепиться за человеком с соответствующим характером. Однако эта версия слабее: слово «аглый» редкое, а суффикс -юк встречается в основном в украинской ономастике, тогда как фамилия Аглюков по форме — русская.

Фамилия, скорее всего, возникла на территориях активного русско-тюркского взаимодействия — в Поволжье, Приуралье или в южных степях. Носители фамилии, вероятно, происходят из крестьян или мещан, получивших фамилию по прозвищу родоначальника. В документах фамилия нечастотна, что подтверждает её локальный характер и происхождение от неканонического, бытового имени.

Итак, перед нами фамилия с тюркской основой, означающей «светлый» или «белый», адаптированная русским суффиксом -ов. Предок современных Аглюковых, по всей видимости, получил прозвище за внешность или род занятий, и это прозвище со временем закрепилось как фамильное имя.