Фамилия Агнеева — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором: что считать основой? Самый очевидный путь — от крестильного имени Агний. В святцах это мужское имя греческого происхождения, означающее «чистый, непорочный». От него образована фамилия Агниев, а женская форма — Агниева. Но написание через «е» вместо «и» — Агнеев — встречается реже, и это не просто орфографическая случайность. Здесь возможна народная переработка книжного имени: в быту «Агний» могли произносить как «Агней», отсюда и фамилия с суффиксом -ев.

Второй, более редкий, но не менее реальный вариант — от прозвища Агней. В русских говорах «агнец» — ягнёнок, но слово могло иметь и переносное значение: кроткий, смиренный человек. Если прозвище дали с оттенком иронии или, наоборот, как характеристику, то фамилия Агнеев возникла прямо от него, минуя церковное имя. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Агнеев, то есть сын или потомок Агнея. Интересно, что эта модель образования проще и архаичнее, чем у фамилий с добавочными суффиксами, вроде Агнивцева, где основа дополнительно усложнена.

Географически фамилия Агнеева нешироко распространена. Встречается в центральных областях России, изредка на Урале и в Поволжье. В дореволюционных источниках она фиксируется в основном как крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет, что косвенно подтверждает её происхождение из простонародной среды — либо от мирского прозвища, либо от имени, которое давали в честь святого, но без претензии на высокий статус. С точки зрения словообразования фамилия проста: корень агн- (от «агнец» или греческого «агнос») плюс суффикс -еев. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Агне́ева, хотя в разговорной речи возможны варианты. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Агнивцев, Агнцев, — то Агнеева стоит особняком: она короче, без дополнительных суффиксов, и потому древнее по модели. Такая лаконичность указывает, что фамилия могла сложиться ещё в допетровскую эпоху, когда прозвища и имена переходили в фамилии без лишних наращений.