Фамилия Агнеина — редкий случай в русской ономастике, когда фамилия закрепилась не в стандартной мужской форме, а в женской. Обычно фамилии на -ин образуются от мужских имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я: Гриша — Гришин, Фома — Фомин. Здесь же исходная форма — женского рода. Это может означать, что фамилия сохранилась от матери-основательницы (например, вдовы, чьи дети пошли по её линии) либо возникла из-за ошибки писаря, записавшего отчество «Агнеина дочь» как фамилию.

Основа фамилии — редкое женское имя Агнея. Оно восходит к греческому «агне» («чистая, непорочная») или к латинскому «agnus» («агнец»). В святцах имя известно как Агния, но в народе бытовали варианты Агнея, Агнешка. В XIX веке это имя встречалось в основном в мещанской и купеческой среде, реже — в крестьянской, и то в южных и западных губерниях Российской империи, где греческое влияние через церковь было сильнее.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «Агнеина» буквально значит «дочь или жена Агнеи». Но если отчества менялись по падежам, то эта фамилия застыла в форме родительного падежа женского рода. Это нестандартный ход: обычно фамилии на -ин склоняются по мужскому роду (Агнеин — Агнеина — Агнеину), а здесь флексия не меняется. Такая особенность характерна для фамилий, образованных от женских имён, которые не имели широкого распространения в мужском варианте.

Географически фамилия Агнеина практически не встречается в центральной России. Единичные записи можно найти в метрических книгах конца XIX века по Саратовской и Астраханской губерниям, а также среди старообрядческих общин Поволжья, где сохранялись архаичные формы имён. Возможно, предки носителей фамилии были связаны с церковным причтом или с ремесленными кругами — имя Агнея давали девочкам в честь святой Агнии Римской, покровительницы девственниц и невест.

Таким образом, фамилия Агнеина — это окаменевшая форма женского отчества, которая обошла стандартную модель русских фамилий. Она не говорит о профессии или прозвище, а прямо указывает на имя женщины, давшей начало роду — Агнеи.