Фамилия Агнеев встречается редко, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного указания на профессию, внешность или место жительства. Основа, скорее всего, — церковное, календарное имя, но в необычной, книжной форме.

Самая вероятная версия ведёт к мужскому имени Агний. В святцах оно встречается, но редко; происходит от греческого «агнос» — «чистый», «непорочный». Получается, что Агнеев — это «сын Агния», то есть потомок человека, носившего это имя. Притяжательный суффикс -ев (вариант -ов после мягкой основы) указывает на отчество: Агний → Агнеев. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от канонических имён, и это самый прямой путь к объяснению.

Менее вероятная версия — связь с прилагательным «агний» в значении «огненный» (от латинского ignis — огонь). В этом случае фамилия могла быть искусственной, семинарской, то есть данной в духовных училищах по переводу греческого или латинского слова. Однако для семинарских фамилий более характерны суффиксы -ский/-цкий (Агницкий, Агнеозерский), поэтому версия с простым отчеством выглядит убедительнее. Обрати внимание на разницу: суффикс -ев в фамилии Агнеев — это типичный показатель отчества, а не «учёного» происхождения.

Фамилия точечно встречается в центральных регионах России и в среде духовенства, где церковные имена сохранялись дольше. В документах XIX века есть упоминания священников и церковнослужителей с этой фамилией. Например, в клировых ведомостях Тверской губернии фигурирует священник Иоанн Агнеев — это подтверждает связь фамилии с церковной средой. Так что ваш предок, скорее всего, либо был человеком по имени Агний (что указывает на набожность семьи), либо получил фамилию в духовном училище. В любом случае, корень фамилии — в христианской традиции, в стремлении подчеркнуть чистоту и непорочность.