Фамилия Агрономкин — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, не имя и не профессия предка в прямом смысле, а книжное, заимствованное слово, причём вошедшее в русский язык довольно поздно. Слово «агроном» (от греч. agros — поле и nomos — закон) стало употребляться в России только во второй половине XIX века, с развитием агрономической науки и земских школ. Поэтому фамилия Агрономкин не могла возникнуть раньше 1860–1870-х годов. Это одна из так называемых «искусственных» или «семинарских» фамилий, которые давали в духовных училищах и семинариях.

Модель образования здесь простая: основа «агроном» плюс суффикс -кин. Суффикс -ин (с вариантом -кин после основ на задненёбный согласный) в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Агрономкин, то есть «сын Агронома» или «человек из семьи Агронома». Но в данном случае это, скорее всего, не отчество от реального прозвища, а фамилия-характеристика, данная семинаристу за успехи в науках или, напротив, в шутку. В семинарской среде было принято «переводить» русские фамилии на греческий или латынь, давать «говорящие» фамилии по добродетелям или наукам. Агрономкин мог получить такую фамилию ученик, проявивший способности к естествознанию или сельскому хозяйству.

Отдельно стоит обратить внимание на суффикс -кин. В отличие от более распространённого -ов/-ев, суффикс -ин (-кин) чаще встречается в северных и центральных губерниях России, но для искусственных семинарских фамилий это не было жёстким правилом. Намного реже можно встретить вариант Агрономов (с суффиксом -ов), который тоже возможен, но менее характерен для семинарской традиции. Фамилия Агрономкин — отчётливый маркер того, что её первый носитель, скорее всего, происходил из духовного сословия, а не из крестьян или мещан.

Поскольку фамилия молодая и редкая, её носители вряд ли успели составить многочисленные ветви. В дореволюционных справочниках единичные случаи встречаются среди выпускников духовных семинарий Поволжья и центра России. В советское время, когда агрономия стала массовой профессией, фамилия могла восприниматься уже как «профессиональная», хотя по происхождению она к реальной работе в поле прямого отношения не имеет. Агрономкин — не потомок агронома, а скорее ученик, которого когда-то назвали в честь науки.