Фамилия Агрономов образована от прозвища Агроном, которое восходит к топониму Агроном. В Российской Федерации известно несколько населенных пунктов с подобным названием: поселок сельского типа в Краснодарском крае, поселок в Липецкой области и деревня в Ульяновской области. Скорее всего, предок обладателя фамилии Агрономов был выходцем одного из вышеперечисленных мест. Согласно другой версии, в основе прозвища лежит нарицательное «агроном» в значении «специалист сельского хозяйства». В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Агроном, со временем получил фамилию Агрономов.