Фамилия Аисин на слух кажется типично русской, образованной по модели «основа на -а/-я + -ин». Но с ней всё сложнее, чем с Пушкиным или Ильиным: прямого древнерусского имени или прозвища «Аиса» в источниках не зафиксировано. Причина в том, что перед нами, скорее всего, не исконно русская, а адаптированная тюркская фамилия.

В татарском, башкирском и казахском языках слово «айсын» или «аисын» означает «ясный месяц» или «луноподобный». В мусульманской ономастике это имя встречается как Айсын или Айсин. При переходе в русскую среду конечное -н переосмыслили как часть патронимического суффикса -ин, и фамилия стала склоняться по русскому образцу: Аисин, Аисина. В этом случае предки носителя фамилии — крещёные татары, башкиры или представители других тюркских народов, принявшие православие.

География фамилии эту версию подтверждает. По данным открытых баз, Аисины чаще всего встречаются в Поволжье — в Татарстане, Башкортостане, Самарской и Оренбургской областях. Именно в этих регионах веками шло смешение русского и тюркского населения, и фамилии тюркского происхождения адаптировались к русской грамматике. Сословной принадлежности предков по фамилии точно не определить: -ин встречается и у крестьян, и у дворян. Но если исходить из региона и корня, вероятнее всего, Аисины — потомки служилых татар или государственных крестьян, принявших православие в XVI–XVII веках.

Существует и вторая, более слабая гипотеза — искусственное происхождение. В XVIII–XIX веках семинаристам при поступлении в духовные училища давали «благозвучные» фамилии из греческих или латинских корней. Аисин могли произвести от греческого «аисиос» (благоприятный, счастливый) или от «айса» — доли, судьбы (в древнегреческой мифологии Айса — богиня участи). Однако в семинарских списках фамилия не встречается, а для искусственных фамилий типичнее суффикс -ский. Поэтому эта версия маловероятна.

Однокоренных фамилий практически нет. Если не считать редких вариантов Айсин или Айсын, то Аисин стоит особняком. Это делает её хорошим маркером: носитель почти наверняка происходит из семьи, сохранившей память о тюркском предке, которого на русский лад прозвали «Аиса» — возможно, сокращением от Айсын.