Фамилия Аисин — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. На слух она воспринимается как типично русская, образованная по модели «основа + -ин»: от слова, оканчивающегося на -а/-я. Однако если большинство фамилий на -ин произошли от прозвищ или имён (Пушкин, Ильин), то с Аисиным всё сложнее: прямого древнерусского имени или прозвища «Аиса» в источниках не зафиксировано.

Первая и наиболее вероятная версия — фамилия имеет тюркские корни. В татарском, башкирском и казахском языках слово «айсын» или «аисын» означает «ясный месяц» или «луноподобный». В мусульманской ономастике это имя встречается как Айсын или Айсин. При переходе в русскую среду конечное -н могло быть переосмыслено как часть суффикса -ин, и фамилия стала склоняться по русскому образцу: Аисин, Аисина. В этом случае предки носителя фамилии — крещёные татары, башкиры или представители других тюркских народов, принявшие православие.

Вторая версия — искусственное происхождение. В XVIII–XIX веках семинаристам при поступлении в духовные училища часто давали «благозвучные» фамилии, составленные из греческих или латинских корней. Аисин может быть производным от греческого «аисиос» (благоприятный, счастливый) или от «айса» — доли, судьбы (в древнегреческой мифологии Айса — богиня участи). Однако такая гипотеза слабее: в семинарских списках фамилия не встречается, а для искусственных фамилий типичнее суффикс -ский.

География фамилии подтверждает первую версию. По данным открытых баз, Аисины чаще всего встречаются в Поволжье — в Татарстане, Башкортостане, Самарской и Оренбургской областях. Именно в этих регионах веками шло смешение русского и тюркского населения, и фамилии тюркского происхождения адаптировались к русской грамматике.

Однокоренных фамилий практически нет. Если не считать редких вариантов Айсин или Айсын, то Аисин стоит особняком. Это делает её хорошим маркером: носитель почти наверняка происходит из семьи, сохранившей память о тюркском предке, которого на русский лад прозвали «Аиса» — возможно, сокращением от Айсын.

Сословной принадлежности предков определить по фамилии нельзя: -ин встречается и у крестьян, и у дворян. Но если исходить из региона и корня, вероятнее всего, Аисины — потомки служилых татар или государственных крестьян, принявших православие в XVI–XVII веках.