Фамилия Айсин происходит от личного имени, а не от прозвища или профессии. Её основа — мусульманское мужское имя Айса. Это фонетическая форма арабского Иса, то есть вариант имени Иисус, которое в исламской традиции означает «с нами Бог». Нарекая сына Айсой, родители вкладывали в имя пожелание, чтобы он вырос достойным мусульманином, — в традиционном обществе религиозный смысл имени имел первостепенное значение.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «сын Айсы» или «из рода Айсы». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, но встречается и у тюркских народов, которые долго жили в соседстве с русскими (татары, башкиры). Поэтому фамилия Айсин могла появиться в среде крещёных татар или в русских семьях, где отца звали Айса.

Есть и вторая, менее вероятная версия. Имя Айса могли считать сокращением от тюркско-арабского Айсаф, что значит «чистый, ясный месяц». Эта гипотеза слабее: имя Айсаф встречается реже, а форма Айса как самостоятельное имя хорошо известна и зафиксирована в ономастических словарях. Скорее всего, перед нами именно прямой вариант имени Иса, адаптированный в тюркской языковой среде.

Географически фамилия Айсин тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили татары и башкиры. Встречается она и у казахов, но там чаще пишется как Айсин или Айсын. В русском написании фамилия закрепилась с окончанием -ин, что сближает её с типичными русскими фамилиями на -ин (Ильин, Фомин).