Фамилия Айсин восходит к мусульманскому мужскому имени Айса, которое является фонетической формой имени Иса (арабский вариант имени Иисус), которое означает «с нами Бог». Вероятно, нарекая ребенка именем Айса, родители желали своему сыну стать достойным мусульманином, что неудивительно для традиционного общества, где столь важное значение придается религии. Согласно другой, менее вероятной гипотезе, имя Айса является сокращенным вариантом тюркско-арабского имени Айсаф, которое переводится на русский язык как «чистый, ясный месяц».