Фамилия Айсинова — редкий случай, когда географический и языковой след почти не оставляет сомнений в происхождении. Она явно тюркская, и её основа — личное имя Айсин, которое состоит из двух тюркских корней: «ай» (луна) и «син» (ты, твой). В буквальном, архаичном значении имя Айсин могло осмысляться как «ты — луна» или «лунный», что в тюркской антропонимии было формой ласкового или поэтического сравнения, а не простым прозвищем. В некоторых тюркских языках, например в казахском или башкирском, имя Айсин встречается и сейчас.

Суффикс -ов- в фамилии Айсинова — не исконный, а привнесённый русской грамматикой при оформлении фамилии. По модели «имя + -ов» образовывались фамилии у многих народов, вошедших в состав Российской империи: от тюркского имени Айсин сделали Айсинов, а женская форма Айсинова закрепилась как фамилия для женщин или как исходная форма рода. Если бы фамилия осталась в чисто тюркской среде, она звучала бы как Айсин или Айсинулы (сын Айсина).

Встречаемость фамилии Айсинова в современной России — низкая, она локализована в регионах Поволжья (Татарстан, Башкортостан) и на Северном Кавказе, где сильны тюркские языковые группы. Судя по модели, предки носителей фамилии были крещёными или принявшими русскую административную систему тюрками (татарами, башкирами, ногайцами). Фамилия не относится к дворянским, её носители — скорее потомки крестьян, казаков или мещан, получивших фамилию при переписях XIX века.

Версия о происхождении от арабского или персидского имени (например, от Айша или Хусейн) — маловероятна, так как тюркская структура «Айсин» не типична для арабской антропонимии, а фонетика «ай» указывает именно на тюркский корень. Таким образом, фамилия Айсинова — это «лунный» след, оставленный в русском документообороте тюркским именем, которое когда-то дали человеку за его красоту или мягкий нрав.