Фамилия Айсины — редкий пример, когда тюркская основа и арабское религиозное имя переплелись в одной фамилии. Вопреки распространённому мнению, фамилия не застыла в одном значении: исследователи предлагают как минимум две версии её происхождения, и обе заслуживают внимания.

Первая и наиболее убедительная версия связывает фамилию с мужским именем Айса. Это фонетическая форма арабского имени Иса (Иисус в христианской традиции), что означает «с нами Бог». В мусульманской среде имя Айса было распространено, и родители, давая его сыну, желали ему праведной жизни. От этого имени через типичную русскую модель с суффиксом -ин (указывающим на принадлежность: «чей?» — «сын Айсы») и образовалась фамилия Айсин. Таким образом, Айсины — это потомки человека по имени Айса.

Вторая, менее вероятная гипотеза, возводит имя Айса к тюркско-арабскому имени Айсаф, которое переводится как «чистый, ясный месяц». В этом случае фамилия теряет религиозный подтекст и становится более «светским» прозвищем, указывающим на красоту или чистоту родоначальника.

Исторически фамилия уходит корнями в XV–XVII века, в период активного взаимодействия русских земель с выходцами из Золотой Орды, печенегами и половцами. Многие нерусские дворяне в России того времени сохраняли свои родовые имена, которые позже русифицировались. Фамилия Айсины — как раз такой случай: восточное имя легло в основу русской фамильной модели, став памятником не только тюркской, но и арабской письменности.