Фамилия Айзин — одна из тех, где за короткой записью скрывается несколько культурных традиций. Чаще всего её связывают с именем Айза, которое бытует и в еврейской, и в мусульманской среде, хотя пути у этих имён разные. У евреев Айза — самостоятельное имя, а у мусульман оно нередко оказывается фонетическим вариантом мужского имени Гайса, которое, в свою очередь, восходит к имени Иса (Иисус в исламской традиции). В конечном счёте в основе лежит древнееврейское словосочетание, означающее «милость Божья».

Фамилия построена по простой и распространённой модели: к основе Айз- добавлен суффикс -ин, который в русском языке указывает на принадлежность («чей?»). Такой суффикс характерен для фамилий, образованных от имён или прозвищ, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный. В данном случае Айзин буквально значит «сын Айзы» или «потомок Айзы».

Интересно, что фамилия Айзин не привязана к какой-то одной географической точке. Её можно встретить и в восточноевропейских еврейских общинах, где фамилии с суффиксом -ин часто давали по имени отца, и среди татарских или башкирских семей, где имя Айза тоже встречалось. Такое пересечение разных традиций в одной фамилии — редкая деталь, которая сразу отличает Айзина от более однородных по происхождению фамилий.

В написании фамилия устойчива: вариант через «ы» (Айзын) для русского уха нетипичен, так что форма Айзин закрепилась без вариантов. В дореволюционных метрических книгах можно встретить написание с буквой «и» после «з» — Айзинъ, но это лишь дань старой орфографии.