Фамилия Аисова — это женская форма, а мужская, Аисов, встречается редко, что сразу указывает на её нерусское происхождение. В исконно русских фамилиях на -ов суффикс присоединяется к основе на твёрдый согласный, но здесь основа «Аис» в русском языке не имеет очевидной семантики. Это верный признак того, что фамилия образована от личного имени, пришедшего из тюркских или исламских культур.

Скорее всего, основа восходит к мужскому имени Аис. В арабском и тюркском контексте имя Аис (Айис, Айыс) связывают с понятием «луна» или «лунный свет» (от тюркского «ай» — луна). Встречается также вариант, где имя означает «гостеприимный» или «щедрый». Фамилия, таким образом, — это патроним: «сын Аиса» или «потомок Аиса». Суффикс -ов/-ев в данном случае — русский грамматический элемент, который наложился на иноязычную основу при оформлении фамилии в документах, что типично для народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии, попавших в сферу русского делопроизводства в XVIII–XIX веках.

Географически фамилия Аисова наиболее вероятна для татар, башкир или народов Дагестана. В этих регионах имя Аис встречается как в форме самостоятельного имени, так и в составе сложных имён (например, Аисхан). Если корень действительно «ай» (луна), то имя могло быть дано мальчику, родившемуся в новолуние, или как пожелание красоты и светлого будущего — метафора, распространённая в тюркской ономастике.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с арабским именем Айса (вариант имени Иса, то есть Иисус в исламской традиции). Однако в этом случае написание фамилии чаще было бы Айсов или Айсова. Форма «Аисова» без «й» тяготеет к тюркскому произношению, где звук «й» в начале слова мог редуцироваться или заменяться на гласный.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Аисовы, скорее всего, происходят из крестьян или ремесленников, а не из знатных родов — фамилии на -ов от личных имён в этом регионе получали в основном простые люди при переписях. Если в роду сохранились предания о происхождении, стоит искать корни в деревнях Татарстана, Башкортостана или в горных аулах Дагестана, где имя Аис не было редкостью.