Фамилия Акакеев звучит необычно, и это первая подсказка: её происхождение уходит в церковную и греческую традицию, а не связано с исконно русскими корнями. В основе лежит редкое каноническое имя Акакий (греч. ἀκακία — «незлобивый», «невинный»). В святцах оно известно благодаря мученику Акакию, а в русской культуре имя получило двусмысленную известность после гоголевской «Шинели», хотя сам Гоголь, по иронии судьбы, выбрал фамилию Башмачкин, а не Акакеев.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе имени Акак(ий) добавляется суффикс принадлежности -ев, указывающий на отчество. То есть Акакеев — буквально «сын Акакия». Суффикс -ев, а не -ов, объясняется мягкостью конечного согласного основы: в имени Акакий звук «к» смягчается перед окончанием, поэтому фамилия строится по той же схеме, что и Андреев от Андрей или Сергеев от Сергей. Варианты написания — Акакиев (с сохранением основы имени) и Акаков (от просторечной формы Акак) — встречаются реже, но фиксируются в документах.

Географически фамилия встречается в основном в центральных регионах России, но без выраженной концентрации в одном месте — это характерно для фамилий, произошедших от редких имён. Поскольку имя Акакий было в основном монашеским, нельзя исключать, что предок мог быть выходцем из духовного сословия, хотя прямых доказательств этому нет. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ев от имён греческого происхождения подробно разбирается, и Акакеев вписывается в этот ряд как пример фамилии, образованной от имени, которое после церковной реформы и секуляризации XVIII века почти вышло из обихода. Сегодня фамилия сохранилась именно как память о редком крестильном имени, не ставшем массовым.