Фамилия Акакеев звучит необычно, и это первая подсказка: её происхождение, скорее всего, не связано с исконно русскими корнями, а уходит в церковную и греческую традицию. В основе лежит редкое каноническое имя Акакий. В святцах оно известно благодаря мученику Акакию, а в русской культуре имя получило двусмысленную известность после гоголевской «Шинели», хотя сам Гоголь, по иронии судьбы, выбрал фамилию Башмачкин, а не Акакеев.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе имени Акак(ий) добавляется суффикс принадлежности -ев, указывающий на отчество. То есть Акакеев — буквально «сын Акакия». Суффикс -ев, а не -ов, объясняется мягкостью конечного согласного основы («к» в имени Акакий смягчается перед окончанием). Фамилия образована по той же схеме, что и, например, Андреев от Андрей или Сергеев от Сергей.

Имя Акакий — греческого происхождения, от слова ἀκακία (акакия), что означает «незлобивый» или «невинный». В древности это могло быть прозвище-пожелание, даваемое при крещении. Соответственно, предок-родоначальник Акакеевых был человеком, носившим это имя, причём имя в те времена было не самым популярным, что делает фамилию достаточно редкой.

Географически фамилия встречается в основном в центральных регионах России, но без выраженной концентрации в одном месте — это характерно для фамилий, произошедших от редких имён. Встречаются также варианты написания Акакиев (с сохранением основы имени) и Акаков (от просторечной формы Акак). Поскольку имя Акакий было в основном монашеским, нельзя исключать, что предок мог быть выходцем из духовного сословия, хотя прямых доказательств этому нет.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ев от имён греческого происхождения подробно разбирается, и Акакеев вписывается в этот ряд как пример фамилии, образованной от имени, которое после церковной реформы и секуляризации XVIII века почти вышло из обихода. Сегодня фамилия сохранилась именно как память о редком крестильном имени, не ставшем массовым.