Фамилия Акакьев — редкий и любопытный случай, когда церковное имя, знакомое по литературе, стало основой для фамилии. В основе лежит каноническое мужское имя Акакий (греч. Акакиос — «незлобивый», «не делающий зла»). Широкую известность ему принёс гоголевский «Шинель» с Акакием Акакиевичем Башмачкиным, но в реальной жизни это имя было редким даже в среде духовенства, где чаще давали «календарные» имена. Фамилия образована по стандартной модели: к основе Акак- (усечение от Акакий) добавили суффикс -ьев, указывающий на принадлежность («сын Акакия»). Форма на -ьев, а не на -ев, — более архаичный вариант, характерный для старомосковского произношения и письменной традиции (ср. Юрьев, Ильин, но также Алексеев — здесь -еев под ударением).

Вероятнее всего, носители фамилии — потомки священнослужителей или церковнослужителей. Имя Акакий в святцах встречается несколько раз (преподобный Акакий Синайский, мученик Акакий), и в среде духовного сословия, где детей часто называли строго по святцам, это имя могло передаваться из поколения в поколение. Фамилии на -ьев, -ев у поповичей и дьячков — обычное дело: так обозначали, чей ты сын, а затем фамилия закреплялась. В крестьянской среде имя Акакий почти не встречалось — там предпочитали более привычные Иваны, Петры, Василии.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России, где было больше церковных приходов и сильнее традиция давать редкие календарные имена. Встречаются варианты написания: Акакиев (более книжное, с полным окончанием имени) и Акакьев (разговорное, с выпадением гласной). В современных справочниках фамилия фиксируется как крайне малочисленная — по данным переписей, её носителей в России не более нескольких десятков человек. Это объяснимо: имя Акакий, несмотря на литературную известность, так и не стало популярным в народе, а значит, и фамилий от него образовалось очень мало.

Любопытная деталь: в языке закрепилось нарицательное «акакий» — так в дореволюционных семинариях в шутку называли тихого, незлобивого ученика, что отсылает к исходному значению имени. Однако сама фамилия Акакьев, в отличие от гоголевского персонажа, не несёт уничижительного оттенка — это просто указание на редкое крестильное имя предка.