Фамилия Акакиев — редкий пример фамилии, образованной от полной, а не уменьшительной формы крестильного имени. В основе лежит мужское имя Акакий, которое греки переводили как «незлобивый», «не делающий зла». На Руси имя не было широко распространено, но попадало в святцы благодаря нескольким святым.

Самый известный из них — Акакий, епископ Амидский, живший в V веке. В 419 году император Феодосий II отправил его послом к персидским христианам. Поездка совпала с церковным собором в Селевкии-Ктесифоне (420 год), где персидская церковь официально приняла постановления Первого Вселенского и ряда поместных соборов. Но известен Акакий не столько дипломатией, сколько поступком: вернувшись, он с согласия клира продал церковную утварь — священные сосуды — чтобы выкупить семь тысяч персидских пленных. Византийские воины не хотели их отпускать, но и кормить не могли. Епископ решил вопрос радикально.

Фамилия Акакиев закрепилась за потомками человека по имени Акакий. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Акакиев, то есть сын или слуга Акакия. Такая словообразовательная модель типична для фамилий духовенства и высших слоёв общества, где имя давали по святцам в полной форме. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо священником, либо выходцем из среды, где ценилась книжная, греческая традиция именования.

Встречаемость фамилии низкая. Она почти не фиксируется в центральных губерниях, чаще — в южнорусских и казачьих регионах, куда имя Акакий могло попасть через церковные круги. В XIX веке фамилию могли дать в семинариях выпускникам по имени отца, если тот был священником. Прямых знаменитых носителей в истории нет, что только подтверждает её редкость и локальный характер.