Фамилия Акилины — одна из тех, что образована напрямую от полной формы крестильного имени. В её основе лежит церковное имя Акила — видоизменённый вариант латинского Aquila, что значит «орёл». В христианском календаре это имя связано с апостолом от семидесяти Акилой, учеником апостола Павла и епископом Гераклейским; его память приходится на 27 июля. Мужское имя Акила дало фамилию Акилин по стандартной модели: чей? — Акилин сын, то есть потомок Акилы.

Интересно, что та же основа породила и женское имя Акилина, которое в разговорной речи превратилось в Акулину (с тем же значением «орлиная»). Фамилия Акилины могла возникнуть и от женского имени, но в русской ономастике фамилии на -ин чаще образуются от имён на -а, -я, а здесь основа мужского имени Акила — более вероятный источник. В любом случае, корень один — латинское «орёл», что даёт фамилии благородный, «птичий» оттенок.

О точном месте и времени появления фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий шёл несколько столетий, и Акилины могли появиться в разных регионах независимо друг от друга. Судя по модели, фамилия не относится к самым древним (боярским или княжеским), а скорее характерна для среды духовенства или крестьянства, где полные церковные имена давали фамилии без уменьшительных суффиксов. Встречается она нечасто, что делает её любопытным памятником русской письменности и культуры.