Фамилия Акилин образована от старинного имени Акила, а оно, в свою очередь, восходит к латинскому Aquila — «орёл». Имя это пришло на Русь вместе с христианством: его носил апостол от семидесяти, епископ Гераклейский, ученик апостола Павла, почитаемый как священномученик (день памяти — 27 июля). В народе имя Акила нередко путали с женским Акилина (в просторечии — Акулина), которое имеет тот же корень и переводится как «орлиная», но фамилия Акилин ведёт происхождение именно от мужской формы.

С точки зрения словообразования фамилия типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Акилы). Такая модель была особенно распространена в XV–XVII веках, когда отчества на -ин закреплялись за потомками и постепенно становились фамилиями. Интересно, что в некоторых говорах имя Акила произносили как Окила, поэтому в старых документах можно встретить вариант Окилин — это не ошибка, а отражение акающего произношения.

Встречается Акилин реже, чем однокоренные Акулов или Акулинин, что объяснимо: само имя Акила не было столь же популярным, как, скажем, Иван или Пётр. Однако среди духовенства оно держалось дольше, и не исключено, что часть носителей фамилии — потомки церковнослужителей, которым давали «календарные» имена в честь апостола. Прямых данных о сословной принадлежности всех Акилиных нет, но география фамилии (Вологодчина, Костромская губерния, Поволжье) подтверждает её крестьянско-мещанские корни.