Фамилия Аксеонов — один из тех случаев, когда написание обманчиво. На слух она почти неотличима от массовой фамилии Аксёнов, но буква «е» в корне выдает другую, более редкую основу. В русской ономастике это не ошибка и не опечатка, а отражение старого произношения или диалектной черты.

Корень фамилии — каноническое мужское имя Авксентий (от греческого auxano — «расти, возрастать»). В разговорной речи имя сократили до Аксён, а от него по самой распространенной русской модели с суффиксом -ов образовали фамилию — буквально «сын Аксёна». Форма Аксеонов (с «е» в корне) возникла из-за аканья: в безударном положении «о» звучало как «а», и на письме это стали передавать по-разному. В документах XVII–XIX веков нередко писали «Аксеонов», «Оксеонов» или «Аксёнов» почти произвольно, пока церковная и светская переписи не закрепили написание за конкретной семьей.

Географически фамилия Аксеонов встречается заметно реже, чем Аксёнов, и тяготеет к центральным и южным губерниям России — там, где акающий говор был сильнее. Встречается она и у старообрядцев, которые иногда консервативнее сохраняли старую орфографию. Социальный состав носителей типичен для крестьянской среды: предки — земледельцы или ремесленники, получившие фамилию по имени отца после отмены крепостного права или при переписях.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Аксеонов стоит в одном ряду с Аксеновым, Аксентьевым и Авксентьевым. Разница только в суффиксе и полноте основы: Аксентьев — от полной формы имени, Авксентьев — от церковного варианта, а Аксеонов — от просторечного сокращения. Именно это сокращение и дало жизнь наиболее массовой ветви, но с вариативным написанием.