Фамилия Алефира — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, не профессия и не географическое название, а личное имя. Причём имя не каноническое церковное, а его разговорная, народная форма. Разбираем её по косточкам.

В ядре фамилии — имя Алефира. Это адаптированный на русской почве вариант греческого имени Елевферия (в церковнославянской передаче — Елевферий), которое означает «свободный», «независимый». В народе греческое «Елевферий» превратилось в более удобное для произношения «Алефир» или «Олефир». Женская форма имени — Алефира — и дала фамилию. Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Фамилия Алефира буквально значит «дочь или жена Алефиры». В русской традиции фамилии на -ин чаще образовывались от имён и прозвищ на -а, -я, поэтому форма «Алефира» (с окончанием на -а) естественна.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где были распространены «акающие» говоры и где имя Елевферий в быту звучало как Олефир, Алефир. Встречается также родственная фамилия Олефир (без суффикса) — она могла закрепиться как прозвище или усечённая форма имени. Алефира — вариант с суффиксом, типичный для фамилий, фиксирующих отношение к конкретному человеку.

Социальный статус первых носителей фамилии, скорее всего, был крестьянским или мещанским. Имя Елевферий в святцах есть, но в простонародье оно давалось реже, чем, скажем, Иван или Пётр. Если человек носил такое имя, это могло указывать либо на приверженность семьи к редким церковным именам, либо на то, что имя дали в честь святого Елевферия (его память приходится на 4 августа по старому стилю). Фамилия же закрепилась, когда имя стало передаваться по наследству как родовое прозвание.

В написании фамилии возможны колебания: Алефира и Алефирин. Первый вариант — более старый, когда фамилия совпадает с именем матери или жены в родительном падеже (чьих? — Алефиры). Второй — более поздняя канцелярская форма с наращением суффикса -ин. В современных документах встречается именно Алефира без дополнительного суффикса, что делает фамилию морфологически прозрачной, но редкой.