Основой фамилии Алефирова послужило церковное имя Алефир. Имя Алефир восходит к греческому имени Елевферий, образованного от греческого слова ἐλεύθερος, что в переводе на русский язык означает «свободный». Это имя используется преимущественно как монашеское и имеет сокращённую народную форму Олефир. В истории православия известно четыре святых покровителя имени Елевферий: священномученик иерей Елевферий, мученик Елевферий, мученик дьякон Елевферий и священномученик Елевферий. Скорее всего, основатель рода Алефировых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Алефир, со временем получил фамилию Алефирова.