Фамилия Алефирова — женская форма, а её мужской вариант Алефиров образован от имени Алефир. Это имя — народная, разговорная переработка церковного имени Елевферий, которое пришло из греческого языка. Греческое ἐλεύθερος (элефтерос) означает «свободный». В русской традиции имя Елевферий часто сокращалось и видоизменялось: наряду с формой Алефир бытовали варианты Олефир и Алфер. Поэтому фамилии Алефиров, Алефирова, Алферов и Олефиров — родственные, у них общий корень.

Имя Елевферий в православных святцах встречается не раз: известно четыре святых с таким именем — два священномученика, мученик и мученик-диакон. Однако в быту имя Елевферий было редким, его чаще давали при постриге в монахи, чем при крещении мирян. Отсюда важная деталь: основатель рода Алефировых, скорее всего, происходил из простого сословия. В крестьянской и посадской среде сложные церковные имена часто переделывали на свой лад, упрощая произношение. Так Елевферий превратился в звучного и короткого Алефира.

Словообразовательная модель фамилии стандартна: суффикс -ов/-ев присоединялся к основе, указывая на принадлежность — «сын Алефира» или «из семьи Алефира». Фамилия Алефирова, таким образом, буквально означает «дочь или жена Алефира». Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где переход начального «е» в «а» (елей — олей, Елевферий — Алефир) встречался особенно часто. В документах XVII–XVIII веков формы Алефир и Олефир фиксируются среди служилых людей и черносошных крестьян, что подтверждает: носители фамилии не принадлежали к высшей аристократии, но были вольными, а не крепостными — что иронично перекликается с исходным значением имени «свободный».