Фамилия Алефиров образована от крестильного имени Алефир, которое, в свою очередь, восходит к греческому имени Елевферий (от слова ἐλεύθερος — «свободный»). Это имя в православной традиции чаще встречалось как монашеское, а в народной среде приобрело сокращённую форму Олефир. Именно от неё, через чередование гласных, и возникла основа Алефир.

В истории известно четыре святых покровителя имени Елевферий: два священномученика (иерей и диакон) и два мученика. Таким образом, предок носителя фамилии Алефиров был крещён в честь одного из них, а его потомки закрепили за собой фамилию по стандартной модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность («сын Алефира»).

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русских фамилий: полная форма имени плюс патронимический суффикс -ов. Это указывает на то, что фамилия формировалась в среде, где имя Алефир (или Олефир) ещё бытовало как самостоятельное, а не только как редкая монашеская форма. В отличие от фамилий на -ин, которые часто образовывались от имён на -а/-я, Алефиров следует более распространённому в XVII–XIX веках образцу.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где народные формы церковных имён (вроде Олефир, Алефир) были особенно устойчивы. Встречается также вариант Олефиров, который считается этимологически более прозрачным, но Алефиров закрепился в написании через начальное «А» под влиянием акающего произношения или церковной книжной традиции.

Споров о происхождении фамилии практически нет: все исследователи сходятся на греческом корне со значением «свобода». Альтернативные версии, связывающие фамилию с тюркскими или финно-угорскими основами, не выдерживают критики, так как не объясняют ни суффикса, ни прямого совпадения с каноническим именем.