Фамилия Алефир — редкий случай, когда в основе лежит, скорее всего, географическое название, а не имя или профессия. Отсутствие типичных русских суффиксов -ов или -ин сразу выдаёт её искусственное, книжное происхождение. Такие фамилии массово давали в духовных училищах и семинариях, заменяя простонародные прозвища учеников на звучные, «латинские» или «греческие» варианты.

Самая правдоподобная версия: Алефир — это переделка названия города Алеппо (в арабском произношении — Халеб, в европейской традиции — Aleppo). В латинских и греческих текстах этот город упоминался как Aleph, Alef. В семинарской среде было принято образовывать фамилии от библейских и античных топонимов: Иерусалимский, Афинский, Антиохов. «Алефир» мог возникнуть как благозвучная переработка слова «Алеппо» с добавлением окончания -ир, которое встречается в ряде книжных фамилий (вроде Пальмир, Кесарир). Такую фамилию мог получить выпускник, чья родная фамилия казалась начальству слишком грубой, или же её взял себе священник, служивший когда-то в приходе, связанном с Алеппо.

Есть и более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть как искажённое на письме прозвище. В южнорусских говорах слово «алефир» не зафиксировано, но можно предположить связь с диалектным «олефир» или «алифир» — так в некоторых регионах называли неказистого, неряшливого человека. Эта версия слабее, потому что не объясняет необычного книжного окончания, но полностью исключать её нельзя — прозвища иногда оформлялись суффиксами, имитирующими иностранные.

Примечательно, что в дворянских родословных книгах и в списках купечества фамилия Алефир не встречается. Это дополнительный аргумент в пользу её семинарского происхождения: духовное сословие — единственная среда, где массово создавали фамилии из книжных, географических и искусственных основ. Носителей этой фамилии немного, и они разбросаны по разным регионам, что тоже типично для фамилий, возникших в учебных заведениях: выпускники разъезжались по всей стране.