Фамилия Алифир — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище или профессия, а церковное имя, прошедшее через народную переделку. Речь о каноническом мужском имени Елевферий, что в переводе с греческого означает «свободный». В украинской просторечной среде это имя упростили до Алифир, отбросив начальное «Е» и заменив трудное сочетание «вф» на привычное «фи». Такой фонетический сдвиг — типичная история для имён, которые прихожане слышали на слух, а не видели в святцах.

Сама фамилия образована по восточнославянской модели без дополнительного суффикса: основой стало полное имя отца. По сути, Алифир — это «сын Алифира», то есть человека, который в документах или быту звался этим народным вариантом Елевферия. В русской традиции чаще встречаются фамилии на -ов (Алифиров), а вот форма без окончания характерна для украинской ономастики, где прямое имя в роли фамилии — не редкость.

Встречается Алифир преимущественно на территории Украины и в южнорусских областях, куда мигрировало украинское население. Социально предки носителей этой фамилии могли быть крестьянами или казаками: именно в этих слоях церковные имена чаще всего адаптировались до неузнаваемости. Дворянские роды предпочитали сохранять книжную форму Елевферий, а простонародье перекраивало её на свой лад.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком: суффиксальная часть отсутствует, а корень Алифир- совпадает с полной формой имени. Это делает её похожей на такие же «бессуффиксные» украинские фамилии, как Назар или Лазар, где имя отца перешло в фамилию без изменений. В отличие от них, Алифир — не библейское имя, а местная переработка греческого, что добавляет ей лингвистической ценности.