Фамилия Алифиров — одна из тех, что начинается не с прозвища или профессии, а с составного восточного имени. Её основа — мужское тюркское имя Алифир, которое, в свою очередь, сложили из двух арабских корней. Первая часть — Али, одно из ключевых имён в исламе, означающее «возвышенный», «великий». Вторая — Фир, что переводится как «великолепие», «блеск», «пышность». В сумме имя Алифир можно истолковать как «сын великолепного Али» или «принадлежащий к возвышенному блеску», то есть носитель имени как бы наследует достоинства и величие. Есть и другая, менее распространённая версия: имя могли образовать от названия первой буквы арабского алфавита — алиф, которая обозначает долгий звук «а». В этом случае имя могло быть дано как абстрактное, книжное, связанное с началом знаний или письменности.

С точки зрения словообразования, фамилия укладывается в самую массовую русскую модель: к основе Алифир добавили типичный фамильный суффикс -ов. Так на Руси оформляли фамилии от имён и прозвищ, отвечая на вопрос «чей?» — то есть «сын Алифира». Интересно, что в некоторых говорах и документах фамилия могла записываться как Алфиров — с утратой одного звука, что для устной речи естественно. Оба варианта встречаются в исторических записях, но Алифиров считается более полным и близким к исходному имени.

Процесс закрепления фамилий в разных слоях населения шёл неравномерно. У дворян и служилых людей фамилии появились уже в XVI–XVII веках, у крестьян — массово лишь после отмены крепостного права в 1861 году. Сказать точно, к какому сословию относились первые Алифировы, без генеалогического поиска по конкретным губерниям нельзя. Однако само по себе имя Алифир — редкое, и его носители, скорее всего, были выходцами из тюркоязычной или исламской среды, принявшей православие и вместе с ним русскую фамильную форму. Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного регионального гнезда, что тоже говорит о её относительно позднем и неродовом распространении.