Фамилия Алифирова — женская форма от Алифиров, а в её основе лежит мужское личное имя Алифир (или Алифер). Это имя имеет тюркское происхождение и представляет собой составную конструкцию из двух мусульманских имён: Али («возвышенный») и Фер («великолепие, пышность, блеск»). В сумме имя можно перевести как «сын великолепного Али» — так в тюркской среде могли назвать мальчика в честь почитаемого предка или религиозного деятеля.

Есть и другая, менее распространённая версия: имя Алифир могли связывать с первой буквой арабского алфавита — алифом, обозначающей долгий звук «А». В таком случае прозвище могло достаться человеку по случайному внешнему признаку (например, за высокий рост или худобу, напоминающую начертание буквы), но эта гипотеза уступает первой в убедительности, поскольку арабская графика редко становилась прямым источником бытовых имён у тюркских народов.

Модель образования фамилии стандартная для русского языка: к основе Алифир добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Алифира). В женском варианте — Алифирова. Такие фамилии обычно закреплялись за крестьянскими и мещанскими родами, где отчество или прозвище отца переходило в фамилию без изменений. Окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода можно лишь на основании генеалогических исследований, но географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским влиянием — Поволжью, Приуралью, югу России.

Стоит заметить, что фамилия редкая: сочетание корней Али- и -фир встречается нечасто, что отличает её от массовых Алиевых или Алимовых. Встречаются варианты написания с одной «ф» (Алиферов), но нормативным для русского документооборота считается Алифиров.