Фамилия Аленький — редкий случай в русской ономастике, когда в основе фамилии лежит не имя, не профессия и не географическое название, а цвет. Это так называемая «цветовая» фамилия, образованная от прилагательного «алый» (ярко-красный) с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -еньк-. Такая словообразовательная модель типична для украинских и южнорусских фамилий: Беленький, Черненький, Рыженький. Но если Беленький или Черненький могли указывать на цвет волос или кожи, то Аленький почти наверняка описывал характер или внешность человека — ласковое прозвище для румяного, краснолицего или просто милого, «аленького» человека.

Вероятнее всего, фамилия возникла в среде крестьян или мещан юга России или Украины, где были распространены фамилии на -кий/-цкий и уменьшительные прилагательные. Суффикс -еньк- в русском языке придаёт слову оттенок нежности, поэтому прозвище Аленький могли дать не столько за цвет лица, сколько за добрый нрав или молодцеватый вид. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии часто фиксировались как «прозвищные» — человека называли Алый, а его детей уже переделывали в Аленьких. Здесь важно различать: прозвище «Алый» могло быть чисто описательным, а вот форма с суффиксом сразу добавляла эмоциональную окраску — скорее всего, так звали человека, к которому относились с симпатией.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к цветку — аленький цветочек из сказки Аксакова появился позже, чем фамилия могла закрепиться. Сказка лишь закрепила в сознании народа образ чего-то желанного и красивого, что могло повлиять на восприятие фамилии, но не на её происхождение. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) «цветовые» фамилии рассматриваются как отдельная группа, но Аленький там не упоминается — это прямо указывает на её редкость и локальный характер. В отличие от, скажем, фамилии Черненький, которая встречается чаще и чётко привязана к внешности, Аленький остаётся более камерным вариантом.

Сегодня фамилия встречается эпизодически, в основном на юге России и в восточной Украине. Носители её — люди, чьи предки получили прозвище за яркую внешность или весёлый характер, и это прозвище закрепилось как фамильное имя. Других версий, например от тюркского корня или от названия поселения, нет — корень очевиден и прозрачен. Это как раз тот случай, когда этимология не требует сложных разысканий: достаточно посмотреть на слово «алый» и суффикс, чтобы понять историю семьи.