Фамилия Аленьков — это, скорее всего, русское «отчество второго порядка». Проще говоря, основатель рода был сыном человека по имени Аленько (Аленько → Аленьков), а тот, в свою очередь, — внуком или сыном Алени. Такая цепочка — распространённая модель, когда к основе добавляли суффикс -к-о (уменьшительный, украинский по происхождению), а затем уже русский патронимический суффикс -ов.

Имя Аленя стоит в центре всей конструкции. Оно могло быть уменьшительной формой сразу нескольких крестильных имён. Самые вероятные варианты — мужские Александр и Алексей. Александр с греческого — «мужественный защитник», Алексей — «оберегающий». Если предка звали Алексеем, то его небесным покровителем считался Алексий, человек Божий; если Александром — святой Александр Египетский, епископ Александрийский, который в начале IV века выступил против ереси Ария и созвал для этого собор в Александрии.

Не исключён и женский след: Аленя могло быть ласкательной формой имени Алена (народный вариант канонического Елена, что значит «светлая», «огненная»). В этом случае фамилия образована от прозвища или внутрисемейного имени матери или бабушки. В христианской традиции особенно почитается царица Елена, мать императора Константина: во время паломничества в Иерусалим она нашла крест, на котором распяли Христа.

Из-за суффикса -еньк-/-оньк- (в твёрдом варианте — -еньк-) многие воспринимают фамилию Аленьков как украинскую по корню. Действительно, на Украине бытует фамилия Аленько, и русский вариант мог возникнуть при переселении носителей на север или при адаптации документа: украинское окончание -о заменили на русское -ов. Но версия с отчеством второго порядка (внук Алени) выглядит не менее убедительной — она объясняет и суффикс, и конечное -ов.

Как бы ни сложилась цепочка, ясно одно: фамилия образована от личного имени или прозвища Аленя, а значит, первые Аленьковы были потомками человека, которого в быту звали именно так.