Фамилия Аленухин — редкий пример образования через суффикс -ухин. Такая модель встречается в русских фамилиях нечасто, и это сразу выделяет её из ряда «стандартных» фамилий на -ов/-ев. Суффикс -ух(а) в русских говорах придавал слову оттенок просторечия или даже пренебрежения (сравните: «лентяй» — «лентяюха», «забулдыга» — «забулдыга»). Но в фамилиях он закреплялся нейтрально, как дополнительный формант, и указывал на прозвище или уличное имя предка.

Основа фамилии — Аленуха. Это, скорее всего, производное от имени Алёна (народная форма канонического Елена). В русских деревнях имя Алёна было очень распространено, а на его базе легко возникали обиходные формы: Аленка, Аленуха. Человек по прозвищу Аленуха мог быть сыном или внуком Алёны — то есть фамилия, по сути, отчественная, но не от отца, а от матери. Это указывает на возможность внебрачного рождения в прошлом, когда ребёнка записывали по матери, или на то, что женщина играла заметную роль в семье (например, была вдовой и вела хозяйство). Впрочем, не исключено, что Аленухой прозвали мужчину — за мягкий характер, любовь к женщинам с таким именем или за какую-то другую бытовую причину.

Версия с тюркскими корнями (от «алан» — поляна или «алын» — лоб) маловероятна: суффикс -ухин — чисто славянский, и фамилия явно сложилась на русской почве, скорее всего, в центральных или северных губерниях, где такие уменьшительно-уничижительные формы были в ходу. Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного «гнезда», что подтверждает её прозвищное, а не топонимическое происхождение.

Таким образом, Аленухин — это фамилия-«матримониум» (по материнской линии), застывшая в форме, которая показывает, что предка в быту звали по имени матери или по прозвищу, образованному от женского имени. Редкий суффикс делает её любопытным объектом для ономастики: в отличие от массовых Аленкиных или Алениных, Аленухины сохранили более архаичную и диалектную словообразовательную модель.