Фамилия Алфименкова — женская форма, образованная от мужской Алфименков. В основе лежит отчество от прозвища или нецерковного имени Алфимен. Модель с суффиксом -енков редкая: она означает «сын» или «потомок», то есть Алфименков буквально — «сын Алфимена». Такие фамилии характерны для северных и центральных регионов России, особенно для Поволжья и бывших новгородских земель. В XVI–XVII веках их фиксировали в писцовых книгах, и они отличались от более распространённых на западе фамилий на -ович.

Само имя Алфимен — народная, разговорная форма канонического имени Евфимий (в просторечии — Ефим). В русских говорах начальное «Е» часто заменялось на «А» под влиянием аканья, а «фим» переходило в «фимен» за счёт вставки «н» — так звучало привычнее и полнозвучнее. Таким образом, Алфимен — это тот же Ефим, но в диалектном, «опрощенном» варианте. Евфимий в переводе с греческого — «благочестивый», «благодушный», но к моменту образования фамилии это значение уже стерлось, и имя воспринималось как личное, а не смысловое.

Географически фамилия Алфименков и её женская форма Алфименкова тяготеют к Вологодской, Костромской и Кировской областям. Встречается она и на Урале, куда переселенцы с севера принесли свой говор и модель фамилеобразования. В некоторых переписях XIX века фиксировали вариант Алфимёнков — с «ё» под ударением, что отражает живое произношение: Алфимёнок, а не Алфименок. Это подтверждает, что фамилия сложилась в устной среде, а не в канцелярии.

Родственные фамилии того же гнезда — Алфимов, Алфимцев, Ефимов, Ефименков. Но Алфименкова стоит особняком: она сохранила архаичный суффикс -енков, который в центральных губерниях к XIX веку почти вытеснили фамилии на -ов. Поэтому носительница этой фамилии может с большой вероятностью проследить корни в среду вольных крестьян или однодворцев северных уездов, где старые формы приживались дольше.