Фамилия Алиханян — типичный пример армянской фамилии, построенной по модели «личное имя + патронимический суффикс». В основе лежит арабское мужское имя Алихан, которое составное: первая часть, Али, означает «самый сильный, мощный», «высокий, великий, видный, знаменитый»; вторая часть, Хан, переводится как «царь, глава государства». То есть имя Алихан можно понять как «самый сильный царь». Давая такое имя сыну, родители, скорее всего, желали ему высокого общественного положения и власти.

Суффикс -ян (в старой орфографии — -янц) — один из главных маркеров армянских фамилий. Он восходит к притяжательному форманту, который первоначально означал «из семьи такого-то» или «из рода такого-то». Поэтому фамилия Алиханян буквально читается как «из рода Алихана». В армянской традиции такие фамилии называются «азганун» — то есть «имя клана», что прямо указывает на родовую принадлежность.

Интересно, что имя Алихан широко распространено не только у армян, но и у многих тюркских и кавказских народов, однако фамилия Алиханян остаётся именно армянской по способу оформления. Встречаются и другие варианты написания — например, Алиханянц, где конечный элемент -ц сохраняет более древнюю форму родительного падежа. В русской передаче суффикс обычно упрощается до -ян, что и закрепилось в документах.