Фамилия Алимбекер — редкий случай на стыке тюркских и немецких языковых традиций. Её основа — составное имя Алимбек, где первая часть «Алим» восходит к арабскому «алим» (знающий, учёный), а вторая — тюркский титул «бек» (господин, князь). Вместе имя означает «учёный господин» или «знатный мудрец». Такие имена были распространены у народов Кавказа, татар, башкир и в Средней Азии.

Уникальность фамилии — в суффиксе «-ер». В русской традиции фамилии от имён на «-бек» образовывали обычно через суффиксы «-ов» или «-ев»: Алимбеков, Алимбегов. Окончание «-ер» указывает на немецкое или еврейское (ашкеназское) влияние. В немецком языке суффикс «-er» часто обозначает профессию или принадлежность. Таким образом, «Алимбекер» могло означать «человек из рода Алимбека» или «слуга/работник Алимбека» — модель, типичная для фамилий немецких колонистов и еврейских общин Восточной Европы.

Вероятный путь возникновения: предок носителя фамилии был выходцем с тюркско-мусульманской территории (например, татарином, горским евреем или азербайджанцем), который попал в среду немецких колонистов или еврейских местечек на юге Российской империи (Поволжье, Крым, Кавказ). Там его имя «Алимбек» переоформили по местной словообразовательной модели, добавив «-ер». Подобные гибридные фамилии встречаются у крымчаков и караимов, а также у поволжских немцев, бравших фамилии от имён соседних народов.

Есть и более простая версия: фамилию могли искусственно создать при документировании в XIX веке. Чиновник или писарь, услышав имя Алимбек, механически приписал к нему стандартное для немецких фамилий окончание, не разбираясь в тюркской грамматике. Такие случаи были массовыми при паспортизации инородческого населения.

Географически фамилия Алимбекер встречается единично, преимущественно на юге России, в Краснодарском крае и Ростовской области, а также среди потомков поволжских немцев, переселённых в Сибирь и Казахстан. В современном русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине, и склоняется по падежам, если речь о женщине-носительнице (Алимбекер, Алимбекер, Алимбекеру).