Фамилия Алисеев — один из тех случаев, когда написание обманчиво. На слух она почти неотличима от гораздо более распространенной Алексеев, и именно это сходство породило путаницу. Дело в том, что в русских говорах, особенно на севере и в центральных областях, имя Алексей часто произносили как «Алисей» — с «и» вместо «е» после «л». Это так называемое «яканье» или просто редукция гласной в безударном положении. Когда крестьянина или мещанина записывали в церковной книге, писарь мог зафиксировать фамилию именно с той буквой, которую слышал: Алисеев.

Таким образом, в основе фамилии лежит каноническое крестильное имя Алексей (от греческого «защитник»). Форма «Алисей» — это его народный, диалектный вариант. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Алисеев — буквально «сын Алисея». По модели образования это типичная русская патронимическая фамилия, каких тысячи, но с нестандартным фонетическим обликом.

Интересно, что фамилия Алисеев встречается значительно реже, чем Алексеев, и географически тяготеет к регионам, где сохранились старые говоры — например, к Архангельской, Вологодской, Кировской областям. Иногда встречается и обратный процесс: писарь, желая «исправить» простонародное произношение, намеренно писал Алексеев, даже если предка звали Алисеем. Поэтому не исключено, что часть современных Алексеевых на самом деле — потомки тех самых Алисеевых, чью фамилию «исправили» в документах.

Споров у этимологов эта фамилия не вызывает: версия с диалектным искажением имени Алексей признана основной. Альтернативные объяснения, связывающие её с женским именем Алиса или с тюркскими корнями, выглядят натянуто — для русской патронимической модели женское имя в качестве основы нетипично, а тюркские параллели не подтверждаются историей бытования фамилии в России.