Фамилия Алисеев — классический пример того, как живое произношение входит в официальный документ. На слух она почти неотличима от гораздо более распространённой фамилии Алексеев, и именно это сходство породило путаницу, закрепившуюся в письменных источниках.

В основе фамилии лежит каноническое крестильное имя Алексей (от греческого «защитник»). Однако в русских говорах, особенно на севере и в центральных областях, его часто произносили как «Алисей» — с «и» вместо «е» после «л». Это результат так называемого «яканья» или редукции гласной в безударном положении. Когда писарь приходской книги записывал крестьянина или мещанина, он фиксировал ту букву, которую слышал: Алисеев. Суффикс -ев здесь указывает на принадлежность, то есть «сын Алисея». По модели образования это типичная русская патронимическая фамилия, но с нестандартным фонетическим обликом.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где сохранились старые говоры: Архангельская, Вологодская, Кировская области. Интересно, что иногда происходил и обратный процесс: писарь, желая «исправить» простонародное произношение, намеренно писал Алексеев, даже если предка звали Алисеем. Поэтому не исключено, что часть современных Алексеевых на самом деле — потомки тех самых Алисеевых, чью фамилию «исправили» в документах.

Споров у этимологов эта фамилия не вызывает: версия с диалектным искажением имени Алексей признана основной. Альтернативные объяснения, связывающие её с женским именем Алиса или с тюркскими корнями, выглядят натянуто — для русской патронимической модели женское имя в качестве основы нетипично, а тюркские параллели не подтверждаются историей бытования фамилии в России.