Фамилия Алисхонов — яркий пример того, как русская фамильная модель соединяется с восточным именем. Её основа — имя Алисхон, которое представляет собой сложносоставное тюркско-персидское образование. Первая часть, Али, восходит к арабскому имени Али (высокий, возвышенный). Вторая часть, схон, — это тюркский титул «хан» (повелитель, правитель) в оглушённом виде. Таким образом, имя Алисхон буквально означает «Али-хан», то есть «хан по имени Али» или «хан, подобный Али».

Фамилию образовали по стандартной русской модели: к основе Алисхон добавили патронимический суффикс -ов, который в данном случае означает «сын Алисхона» или «принадлежащий роду Алисхона». Такое оформление характерно для фамилий, которые возникли в XIX — начале XX века у народов Средней Азии, Кавказа и Поволжья, входивших в состав Российской империи. Русская администрация часто записывала местных жителей по имени отца с добавлением типичного русского окончания, что и закрепилось как фамилия.

Интересно, что в исходном имени-основе произошла редукция: полная форма «Алихан» превратилась в «Алисхон». Это не ошибка, а особенность произношения в некоторых тюркских языках (например, в узбекском, таджикском), где сочетание «х» и «н» в потоке речи даёт звук «сх». Поэтому фамилия Алисхонов — это фонетический вариант от более распространённой фамилии Алиханов.

Сословно предки носителя, скорее всего, не принадлежали к дворянству. Фамилия фиксируется преимущественно среди оседлого и кочевого населения бывших Туркестанского генерал-губернаторства и Бухарского эмирата. Поскольку имя Алисхон давали в семьях, почитавших ислам, можно предположить, что предки были мусульманами-суннитами. Встречается фамилия и у таджиков, и у узбеков, а также у некоторых народов Северного Кавказа.