Фамилия Алисханова — женская форма, образованная от мужской фамилии Алисханов. Её основа — составное восточное имя Алисхан, популярное в мусульманских культурах Кавказа и Средней Азии. Первая часть, Али, отсылает к имени халифа Али ибн Абу Талиба, двоюродного брата и зятя пророка Мухаммеда, почитаемого в исламе. Вторая часть, хан, в тюркских языках означает «правитель», «владыка» или «князь». Таким образом, имя Алисхан можно перевести как «великий Али» или «хан Али»: оно подчёркивает уважение к религиозному деятелю и одновременно указывает на знатное происхождение или высокий статус.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов/-ев, который присоединился к основе Алисхан. Это типичный способ адаптации нерусских имён и прозвищ в Российской империи: к восточному имени добавляли патронимический суффикс, означающий «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». В женском варианте появляется окончание -а, поэтому Алисханова буквально означает «дочь (или жена) Алисхана».

Географически фамилия чаще всего встречается среди народов Северного Кавказа — чеченцев, ингушей, дагестанских народов, а также у татар и азербайджанцев. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, были выходцами из этих регионов, где имя Алисхан широко распространено. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века такие фамилии фиксировались уже в русифицированной форме, так как местные жители получали их при переписях или призыве на военную службу.

Примечательно, что в отличие от многих русских фамилий, образованных от мирских имён или прозвищ, Алисханова напрямую восходит к полному имени, а не к уменьшительной или пренебрежительной форме. Это говорит о том, что имя Алисхан носило не бытовой, а скорее официальный или уважительный характер. В некоторых случаях фамилия могла закрепиться за потомками человека, который был известен под этим именем в общине, — например, за старейшиной или религиозным авторитетом.

С точки зрения словообразования фамилия примечательна тем, что сохраняет двусоставную структуру исходного имени без редукции или слияния звуков. Встречаются варианты написания через дефис (Али-Сханов), но форма Алисханов является более устоявшейся и частотной.