Фамилия Алипханова образована от восточного мужского имени Алипхан. Это составное имя, и его разбор сразу объясняет, какой смысл вкладывали в него предки. Первая часть — Алип — восходит к арабскому названию первой буквы алфавита («алиф»). Вторая часть — Хан — тюркского происхождения, от слов «хаган», «каган» или «хакан», означающих «властитель», «монарх», а изначально — вождь племени у кочевников Ирана и Афганистана.

Соединив эти два корня, родители, давая имя Алипхан, желали сыну стать образованным и высокопоставленным, уважаемым человеком — как бы соединяя в имени «начало знаний» и «власть». Фамилия Алипханова — это буквально «потомок Алипхана», и образована она по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность к роду.

Фамилия характерна для народов Северного Кавказа и Закавказья, где распространены арабо-тюркские составные имена. В исторических документах она встречается в Дагестане. Например, в Книге памяти Республики Дагестан упомянут Алипханова Васик, родившийся в 1923 году в селе Акташ-аух Ауховского района. Поскольку фамилия зафиксирована в женской форме (Васик, вероятно, мужчина, но документ указывает фамилию как Алипханова), это говорит о том, что носитель мог быть записан через мать, либо это особенность документа. Сама же родовая форма — Алипхановы — встречается в разных источниках.