Фамилия Алифханов стоит в ряду тюрко-исламских фамилий, образованных по русской модели, но с нерусской основой. Её ядро — имя Алифхан. Первая часть, Алиф, — это название первой буквы арабского алфавита (алиф). В мусульманской культуре буква «алиф» символизирует единство и начало, поэтому имя Алиф (реже Алип) давали мальчикам, желая им стать первыми, главными. Вторая часть, хан, — древний тюркский титул, означающий «правитель», «владыка», «князь». В составе сложных имён хан перестал быть указанием на реальную власть и превратился в пожелание достоинства и силы: Алифхан буквально — «первый среди правителей» или «главный хан».

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия складывалась под влиянием русской делопроизводственной традиции. В XIX — начале XX века, когда у народов Кавказа и Поволжья начали массово фиксировать фамилии по русскому образцу, к отцовскому имени (Алифхан) добавляли патронимический суффикс -ов. Получалось «сын Алифхана» — Алифханов. В отличие от чисто русских фамилий, где суффикс -ов часто присоединялся к прозвищу или профессии, здесь он закрепился за личным именем.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где ислам соседствовал с тюркскими языками и русским административным учётом. Чаще всего Алифхановы встречаются среди татар, башкир, а также у народов Дагестана и Чечни. В татарской среде имя Алифхан фиксировалось ещё в XVII–XVIII веках, хотя и не было массовым. В дагестанских языках, например в аварском или кумыкском, имя Алифхан могло звучать как Алипхан, отсюда возможные варианты написания: Алипханов, Алыпханов.

Любопытно, что в основе фамилии нет арабского имени Али (высокий, возвышенный), с которым её иногда путают. Алиф — не сокращение от Али, а самостоятельный корень, связанный с алфавитом и порядком. Поэтому Алифханов — не «хан из рода Али», а «хан, подобный первой букве», то есть ведущий, первенствующий. Это редкий случай, когда фамилия хранит в себе не только титул, но и образовательный, почти мистический подтекст из средневековой исламской педагогики, где буквы имели числовое и сакральное значение.

Сословно Алифхановы не принадлежали к аристократии, несмотря на слово «хан» в основе. В России фамилии с компонентом «хан» нередко получали торговцы, муллы или зажиточные крестьяне, чьи предки носили составное имя с этим титулом как часть личного имени, а не как знак власти. Так что носитель фамилии Алифханов, скорее всего, потомок человека, которого нарекли громким именем в надежде на его выдающуюся судьбу, но который жил обычной жизнью ремесленника или земледельца.