Фамилия Алифановы происходит от личного имени Алифан, которое легло в основу фамилии по стандартной русской модели с суффиксом -ов. Эта модель в XVI–XVII веках стала главным способом образования фамилий в среде служилых людей, купечества и крестьянства: имя отца превращалось в фамилию сына, отвечая на вопрос «чей?» — Алифанов, то есть сын Алифана.

Происхождение самого имени Алифан неочевидно, и здесь сталкиваются две гипотезы. По первой, более распространённой в русской ономастике, Алифан — это народная форма крестильного имени Алипий. Греческое Ἀλύπιος (Alypios) означает «беспечальный», что хорошо согласуется с житиями святых покровителей этого имени: мученика Алипия, преподобного Алипия-иконописца Печерского и Алипия Столпника. Трансформация имени прошла через цепочку: Алипий — Алипат — Алипан — Алифан. Такое упрощение и замена «п» на «ф» типичны для народного произношения греческих имён.

Согласно второй гипотезе, Алифан восходит к таджикскому или арабскому имени Алиф — названию первой буквы арабского алфавита (алиф). В переносном смысле это имя означает «друг, товарищ» или «богатый человек». Диалектный вариант Алифан мог закрепиться в среде, где русские контактировали с тюркскими или среднеазиатскими народами. Однако эта версия менее вероятна для центральной России: фамилия Алифановы встречается в основном в Поволжье и южных регионах, где имя Алифан могло быть нередким, но славянская модель образования фамилии (суффикс -ов) указывает на её адаптацию в русской языковой среде.

Интересно, что фамилия сохранила букву «ф», которая в русских фамилиях из греческих имён часто вытеснялась звуком «п» или «хв» (сравните: Алипатов, Алифанов и Алимов). Это говорит о том, что предки носителей фамилии произносили имя именно как Алифан, и это произношение закрепилось в документах.